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肽质量计算器是生物化学和分子生物学中用于根据肽的氨基酸序列计算其分子量的专用工具。对于研究人员和科学家来说,此工具必不可少 工作 与蛋白质和肽一起,因为它有助于准确确定肽的质量,这对于各种实验方案和程序至关重要。
肽质量计算器的公式
逐步计算:
- 氨基酸列表: 首先识别肽序列中存在的氨基酸。
- 氨基酸质量: 利用肽中涉及的每种氨基酸的标准单同位素质量。
- 氨基酸质量总和: 通过将序列中所有氨基酸的单同位素质量相加来计算总质量。
- 调整水分流失: 帐户 水的质量 分子(每个肽键 18.01528 Da)在肽键形成过程中丢失。
氨基酸质量:
以下是 20 种标准氨基酸的单同位素质量,这对于计算至关重要:
氨基酸 | 图形符号 | 单同位素质量 (Da) |
---|---|---|
丙氨酸 | A | 71.03711 |
精氨酸 | R | 156.10111 |
天冬酰胺 | N | 114.04293 |
天冬氨酸 | D | 115.02694 |
半胱氨酸 | C | 103.00919 |
谷氨酰胺 | Q | 128.05858 |
谷氨酸 | E | 129.04259 |
甘氨酸 | G | 57.02146 |
组氨酸 | H | 137.05891 |
异亮氨酸 | I | 113.08406 |
亮氨酸 | L | 113.08406 |
赖氨酸 | K | 128.09496 |
蛋氨酸 | M | 131.04049 |
苯丙氨酸 | F | 147.06841 |
脯氨酸 | P | 97.05276 |
丝氨酸 | S | 87.03203 |
苏氨酸 | T | 101.04768 |
色氨酸 | W | 186.07931 |
酪氨酸 | Y | 163.06333 |
缬氨酸 | V | 99.06841 |
最终计算:
- 氨基酸质量总和: Σ(每种氨基酸的质量)
- 计算肽键的数量: (n - 1),其中 n 是肽中的氨基酸数量。
- 肽质量(M): 氨基酸质量总和 - (肽键数 * 18.01528 Da)
一般条款表
按揭年数 | 定义 |
---|---|
单同位素质量 | 使用每种元素最丰富的同位素来计算分子的质量。 |
肽键 | 共价 化学 沿肽或蛋白质链连接两个连续氨基酸单体的键。 |
氨基酸 | 有机化合物结合在一起形成蛋白质,即生命的组成部分。 |
肽 | 通过肽键连接的短链氨基酸。 |
肽质量计算器示例
- 氨基酸质量:
- 甘氨酸 (G):57.02146 Da
- 丙氨酸 (A):71.03711 Da
- 亮氨酸 (L):113.08406 Da
- 氨基酸质量总和:
- 57.02146 + 71.03711 + 113.08406 = 241.14263 大
- 肽键数量:
- 3 个氨基酸 - 1 = 2 个肽键
- 计算肽质量:
- 241.14263 - (2 * 18.01528) = 205.11207 大
这个计算演示了如何确定一个简单序列的肽质量。
最常见的常见问题解答
1. 肽质量计算器有多准确?
准确度很大程度上取决于所提供的氨基酸质量值的精度。它对于理论计算来说通常非常可靠。
2. 这个计算器能预测翻译后修饰吗?
不,标准肽质量计算器不考虑翻译后修饰。此类计算需要调整或附加工具。
3. 肽质量计算器对大蛋白质有用吗?
对于较大的蛋白质,计算器可以提供粗略的估计,但建议使用质谱等更复杂的方法以获得更高的准确性。