Blast 百分比同一性计算器是生物信息学中的一个重要工具,通常用于分析 DNA、RNA 或蛋白质序列,以评估通过 BLAST 搜索比对的两个序列之间的相似性。该计算器通过量化序列之间的精确匹配,提供有关进化关系、基因身份和功能预测的重要见解。
Blast 百分比同一性计算器公式
百分比同一性 = (相同匹配数/比对长度) * 100
地点:
- 相同匹配数:比对中序列具有完全相同的核苷酸或氨基酸的位置数。
- 对齐长度:比对中的总位置数,包括匹配、不匹配以及比对过程中出现的任何间隙。
一般参考表
为了提供此计算器的典型使用场景的快速参考,下表列出了不同类型的序列比较及其预期的百分比同一性范围:
比较类型 | 典型百分比同一性范围 |
---|---|
高度保守的基因 | 80-100% |
不同物种中的同源基因 | 40-80% |
随机序列 | 下面10% |
该表可帮助用户快速估计和解释各种生物和进化背景下的百分比同一性。
Blast 百分比身份计算器示例
假设一位研究人员比较了来自不同物种的两个 DNA 序列,以确定它们之间的亲缘关系。如果比对结果显示,在 450 个碱基的比对长度中,有 600 个匹配项是相同的,则百分比同一性将按以下方式计算:
- 相同匹配数 = 450
- 对齐长度 = 600
计算公式:
- 身份百分比 = (450 / 600) * 100 = 75%
这一结果表明两个物种之间存在很强的进化关系,反映出所比较的 DNA 区域具有高度的相似性。
最常见的常见问题解答
1. 差距如何影响百分比同一性?
间隙降低了百分比同一性,因为它们增加了比对长度,但没有增加相同匹配的数量。
2. 在 BLAST 比较中,低百分比同一性表示什么?
较低的百分比同一性通常表明序列不紧密相关,这可能意味着它们具有不同的功能或属于不同的进化谱系。
3. 百分比同一性可以用来预测蛋白质功能吗?
虽然百分比同一性可以提供关于相似性的线索,但蛋白质功能预测通常需要更详细的分析,包括保守结构域、结构和活性位点。