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ペプチド質量計算機は、生化学や分子生物学でアミノ酸配列からペプチドの分子量を計算するために使われる専門ツールです。このツールは、 タンパク質やペプチドの場合、さまざまな実験プロトコルや手順にとって重要なペプチドの質量を正確に測定するのに役立ちます。
ペプチド質量計算の式
段階的な計算:
- アミノ酸のリスト: まず、ペプチド配列に存在するアミノ酸を特定します。
- アミノ酸質量: ペプチドに含まれる各アミノ酸の標準モノアイソトピック質量を利用します。
- アミノ酸質量の合計: 配列内のすべてのアミノ酸のモノアイソトピック質量を合計して総質量を計算します。
- 水分損失の調整: アカウント 水の塊 ペプチド結合の形成中に失われる分子（ペプチド結合あたり18.01528 Da）です。
アミノ酸質量:
計算に不可欠な 20 種類の標準アミノ酸のモノアイソトピック質量は次のとおりです。
| アミノ酸 | シンボル | モノアイソトピック質量 (Da) |
|---|---|---|
| アラニン | A | 71.03711 |
| アルギニン | R | 156.10111 |
| アスパラギン | N | 114.04293 |
| アスパラギン酸 | D | 115.02694 |
| システイン | C | 103.00919 |
| グルタミン | Q | 128.05858 |
| グルタミン酸 | E | 129.04259 |
| グリシン | G | 57.02146 |
| ヒスチジン | H | 137.05891 |
| イソロイシン | I | 113.08406 |
| ロイシン | L | 113.08406 |
| リジン | K | 128.09496 |
| メチオニン | M | 131.04049 |
| フェニルアラニン | F | 147.06841 |
| プロリン | P | 97.05276 |
| セリン | S | 87.03203 |
| スレオニン | T | 101.04768 |
| トリプトファン | W | 186.07931 |
| チロシン | Y | 163.06333 |
| バリン | V | 99.06841 |
最終計算:
- アミノ酸質量の合計: Σ（各アミノ酸の質量）
- ペプチド結合の数を計算します。 (n - 1)、ここでnはペプチド中のアミノ酸の数です。
- ペプチド質量（M）： アミノ酸質量の合計 - (ペプチド結合の数 * 18.01528 Da)
一般用語の表
| 契約期間 | 定義 |
|---|---|
| モノアイソトピック質量 | 各元素の最も豊富な同位体を使用した分子の質量。 |
| ペプチド結合 | 共有結合 化学物質 ペプチドまたはタンパク質鎖に沿って連続する 2 つのアミノ酸モノマーを連結する結合。 |
| アミノ酸 | 生命の構成要素であるタンパク質を形成するために結合する有機化合物。 |
| ペプチド | ペプチド結合によって連結されたアミノ酸の短い鎖。 |
ペプチド質量計算機の例
- アミノ酸質量:
- グリシン (G): 57.02146 Da
- アラニン（A）：71.03711 Da
- ロイシン（L）：113.08406 Da
- アミノ酸質量の合計:
- 57.02146 + 71.03711 + 113.08406 = 241.14263 日
- ペプチド結合の数:
- 3 アミノ酸 - 1 = 2 ペプチド結合
- ペプチド質量を計算する:
- 241.14263 - (2 * 18.01528) = 205.11207 日
この計算は、単純な配列のペプチド質量を決定する方法を示しています。
最も一般的な FAQ
1. ペプチド質量計算機の精度はどのくらいですか?
精度は、提供されるアミノ酸の質量値の精度に大きく依存します。理論計算では通常、非常に信頼性があります。
2. この計算機は翻訳後修飾を予測できますか?
いいえ、標準的なペプチド質量計算機では翻訳後修飾は考慮されません。そのような計算には調整または追加のツールが必要です。
3. ペプチド質量計算機は大きなタンパク質にも役立ちますか?
大きなタンパク質の場合、計算機は大まかな推定値を提供できますが、より高い精度を得るには質量分析などのより高度な方法が推奨されます。