Der Peptide Mass Calculator ist ein spezielles Werkzeug, das in der Biochemie und Molekularbiologie verwendet wird, um die Molekülmasse eines Peptids aus seiner Aminosäuresequenz zu berechnen. Dieses Werkzeug ist unverzichtbar für Forscher und Wissenschaftler, die Arbeit bei Proteinen und Peptiden, da es hilft, die Masse von Peptiden genau zu bestimmen, was für verschiedene experimentelle Protokolle und Verfahren von entscheidender Bedeutung ist.
Formel des Peptid-Massenrechners
Schritt-für-Schritt-Berechnung:
- Liste der Aminosäuren: Beginnen Sie mit der Identifizieren der in der Peptidsequenz vorhandenen Aminosäuren.
- Aminosäuremassen: Nutzen Sie die standardmäßige monoisotopische Masse für jede im Peptid beteiligte Aminosäure.
- Summe der Aminosäuremassen: Berechnen Sie die Gesamtmasse, indem Sie die monoisotopischen Massen aller Aminosäuren in der Sequenz addieren.
- Anpassung an den Wasserverlust: Konto für die Masse Wasser Moleküle (18.01528 Da pro Peptidbindung), die bei der Bildung von Peptidbindungen verloren gehen.
Aminosäuremassen:
Hier sind die monoisotopischen Massen der 20 Standardaminosäuren, die für die Berechnungen wichtig sind:
| Aminosäuren | Symbol | Monoisotopenmasse (Da) |
|---|---|---|
| Alanine | A | 71.03711 |
| Arginine | R | 156.10111 |
| Asparagin | N | 114.04293 |
| Asparaginsäure | D | 115.02694 |
| Cystein | C | 103.00919 |
| Glutamin | Q | 128.05858 |
| Glutaminsäure | E | 129.04259 |
| Glycine | G | 57.02146 |
| Histidin | H | 137.05891 |
| Isoleucin | I | 113.08406 |
| Leucine | L | 113.08406 |
| Lysine | K | 128.09496 |
| Methionin | M | 131.04049 |
| Phenylalanin | F | 147.06841 |
| Proline | P | 97.05276 |
| Serine | S | 87.03203 |
| Threonin | T | 101.04768 |
| Tryptophan | W | 186.07931 |
| Tyrosine | Y | 163.06333 |
| Valin | V | 99.06841 |
Endgültige Berechnung:
- Summe der Aminosäuremassen: Σ (Masse jeder Aminosäure)
- Berechnen Sie die Anzahl der Peptidbindungen: (n - 1), wobei n die Anzahl der Aminosäuren im Peptid ist.
- Peptidmasse (M): Summe der Aminosäuremassen - (Anzahl der Peptidbindungen * 18.01528 Da)
Tabelle für Allgemeine Geschäftsbedingungen
| Bedingungen | Definition |
|---|---|
| Monoisotopische Masse | Die Masse eines Moleküls unter Verwendung des am häufigsten vorkommenden Isotopes jedes Elements. |
| Peptidbindung | Eine kovalente chemisches Bindung, die zwei aufeinanderfolgende Aminosäuremonomere entlang einer Peptid- oder Proteinkette verbindet. |
| Aminosäuren | Organische Verbindungen, die sich zu Proteinen verbinden, den Bausteinen des Lebens. |
| Peptid | Eine kurze Kette von Aminosäuren, die durch Peptidbindungen verbunden sind. |
Beispiel eines Peptid-Massenrechners
- Aminosäuremassen:
- Glycin (G): 57.02146 Da
- Alanin (A): 71.03711 Da
- Leucin (L): 113.08406 Da
- Summe der Aminosäuremassen:
- 57.02146 + 71.03711 + 113.08406 = 241.14263 Da
- Anzahl der Peptidbindungen:
- 3 Aminosäuren - 1 = 2 Peptidbindungen
- Peptidmasse berechnen:
- 241.14263 - (2 * 18.01528) = 205.11207 Da
Diese Berechnung zeigt, wie die Peptidmasse für eine einfache Sequenz bestimmt wird.
Die häufigsten FAQs
Die Genauigkeit hängt stark von der Genauigkeit der bereitgestellten Aminosäuremassenwerte ab. Für theoretische Berechnungen ist sie im Allgemeinen sehr zuverlässig.
Nein, der Standard-Peptidmassenrechner berücksichtigt keine posttranslationalen Modifikationen. Für solche Berechnungen sind Anpassungen oder zusätzliche Tools erforderlich.
Bei großen Proteinen kann der Rechner eine grobe Schätzung liefern, für eine höhere Genauigkeit werden jedoch anspruchsvollere Methoden wie die Massenspektrometrie empfohlen.